Embora o museu tenha sido criado oficialmente apenas em 13 de janeiro de 1937 - e inaugurado em 19 de agosto de 1938 - sua história é bem mais antiga, e remonta à chegada da família real portuguesa ao Rio de Janeiro em 1808, já que dom João VI se fez acompanhar de um conjunto de obras de arte, algumas das quais permaneceram no país depois de seu retorno à Europa e figuram como o núcleo inicial da coleção.

Alguns anos depois de sua chegada ao Brasil, o rei fundou a Escola Real de Ciências, Artes e Ofícios, que, a princípio, funcionou em um prédio próprio construído por Grandjean de Montigny, um dos integrantes da Missão Francesa e professor da escola, e inaugurada em 1826 pelo imperador dom Pedro I, ocasião em que a instituição passou a ser chamada de Academia Imperial de Belas Artes.